Colossal Biosciences发布AI平台GenoMorph,已筛选出约2300个渡渡鸟基因编辑靶点

该平台历时一年多开发完成,整合了70多种鸟类的遗传信息以及颅骨三维测量数据,能够学习鸟类在喙与面部结构发育过程中哪些DNA片段处于激活状态。

Colossal Biosciences于当地时间周三发布了一款名为GenoMorph的人工智能平台,用于加速复活灭绝物种的相关研究。该平台结合先进三维形态学、比较基因组学与发育生物学技术,可在基因数据有限的复活项目中筛选出可用于基因编辑的目标基因。

Colossal Biosciences正借助GenoMorph推进渡渡鸟复活计划。渡渡鸟可用的基因组资料十分匮乏,这与该公司另一旗舰项目猛犸象复活形成鲜明对比。公司方面透露,猛犸象项目已获取100份基因组样本,而渡渡鸟项目仅有一份基因组可用。公司解释称,猛犸象生存的寒冷环境更利于DNA保存,渡渡鸟栖息在热带地区,因此留存下来的猛犸象DNA更为丰富。

Colossal Biosciences首席执行官、联合创始人本·拉姆(Ben Lamm)在接受采访时表示,通常科学家可以比对大量基因组,以此找出决定特定性状的基因差异,但对于灭绝物种的古DNA,这类物种的DNA存量极少,只能得到少量完整基因组,不具备同样的比对条件。

为搭建GenoMorph平台,团队收集了大量来自鸡、鹌鹑、鸭和鸽子的发育数据,并整合了70多种鸟类的遗传信息以及颅骨三维测量数据。该平台历时一年多开发完成,同时依托公司多年在灭绝物种复活领域积累的研究成果。拉姆介绍,这套AI能够学习鸟类在喙与面部结构发育过程中哪些DNA片段处于激活状态,并利用这些信息预测是哪些基因调控机制造就了渡渡鸟标志性的外形。

拉姆将GenoMorph比作“渡渡鸟基因组藏宝图”,团队不再需要排查海量潜在基因差异,平台可以直接筛选出真正关键的基因变异位点。他透露,目前已找到大约2300个有望用于渡渡鸟颅面部形态改造的DNA编辑靶点,接下来可在实验室开展验证。

拉姆表示,GenoMorph将帮助公司攻克复活动物研究里最大的瓶颈之一,即找出究竟是哪些基因变化造就了灭绝物种独有的特征。不过科学家还需要验证这些编辑操作能否培育出目标外形特征。为此,公司研发了一套新系统,利用脂质纳米颗粒把基因编辑工具直接送入正在发育的鸟类胚胎。这套方案可以让团队观察特定基因改动会如何影响鸟类发育,不必等待鸟类完成整个繁育周期直至性成熟。

公司在周三同时公布,目前尼科巴鸠种群已经达到36只,并且已经成功培育出能够发育成卵子和精子的关键细胞。拉姆称,尼科巴鸠是渡渡鸟现存亲缘关系最近的物种,这些细胞是培育带有渡渡鸟性状个体的核心环节。下一步团队计划在实验室验证GenoMorph给出的预测结果。

拉姆表示,最令人振奋的是公司研发的各项技术正在逐步融合,还能为生命演化树上其他完全不同类群的研究项目提供支持。被问及这类基因编辑是否安全时,拉姆回应称,开发GenoMorph这类技术的目的是让基因工程更精准、可控、可检验。他强调,该平台本身并不执行基因编辑操作,只是帮助研究团队筛选值得深入研究的基因改动方案,找到潜在编辑靶点并不代表会立刻将其植入动物体内,也不等于默认其安全。对这些基因改动识别和验证得越精准,整个研究过程中的决策就越可靠。

Colossal Biosciences的这项新技术已获得XPRIZE创始人彼得·戴曼迪斯(Peter Diamandis)的认可。作为Colossal Biosciences投资方,戴曼迪斯在周三宣布成立新风险投资机构NeoGenesis Capital,专门扶持那些运用Colossal Biosciences可编程生物平台、布局医疗、农业与物种保护领域的企业。

从行业视角看,GenoMorph的发布反映出AI在生命科学领域的应用正从通用药物发现向更细分的基础研究场景渗透。对于基因数据极度稀缺的灭绝物种复活项目而言,AI辅助的靶点筛选能力有望缩短从基因组信息到可验证编辑方案之间的路径,但相关预测仍需经过实验室验证,技术落地周期和安全性评估仍是后续关注重点。

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